Khi đến tuổi trưởng thành, Nỗ Nhĩ Cáp Xích đã sắp đặt cho con trai mình một cuộc hôn nhân chính trị với con gái của một thủ lĩnh của bộ tộc Mông Cổ Bột Nhi Chỉ Cân (hay còn phiên âm là Bát Nhĩ Tề Cát Đặc). Với cuộc hôn nhân này, bộ tộc Ái Tân Giác La của ông đã liên kết với bộ tộc hậu duệ của Thành Cát Tư Hãn, có quyền kế thừa danh nghĩa và uy tín của vị Đại hãn vĩ đại này. Điều này quả thật chứng minh tầm nhìn xa của Nỗ Nhĩ Cáp Xích, khi Lâm Đan Hãn, vị Đại hãn cuối cùng của người Mông Cổ, chết vào năm 1634, con trai ông Ngạch Triết Hãn đã đầu hàng người Mãn Châu và trao lại ấn ngọc truyền quốc của Hoàng đế Đại Nguyên cho Hoàng Thái Cực.[19]

Ngoài người vợ có tên là Jerjer (phiên âm Hán Việt là Triết Triết), về sau ông còn cưới thêm 4 người vợ nữa cũng thuộc bộ tộc Mông Cổ Bột Nhi Chỉ Cân, trong đó nổi tiếng nhất là Bố Mộc Bố Thái (là Hiếu Trang Văn Hoàng hậu sau này), người về sau sinh hạ được Hoàng tử Phúc Lâm, sau này trở thành Thuận Trị Đế, và có vai trò quan trọng trong việc giữ lại ngôi vị cho Phúc Lâm trong cuộc tranh chấp ngôi vị Đại hãn sau khi Hoàng Thái Cực chết.